バイオインフォマティクス分野でよく利用されるcasoffinderのインストールに少し手間取ったのでそのやり方をシェアしようと思います。
ダウンロード
このあたりからダウンロード出来る。
https://sourceforge.net/projects/cas-offinder/files/Binaries/2.4/
このファイルをサーバに持っていけば、環境次第ですぐに使える。ファイル次第が実行プログラム。
# cd .. # ls -al -rw-r--r--. 1 root root 112536 3月 26 11:47 cas-offinder
実行権限がないのでchmodコマンドで権限付与する。
しかし、OpenCLがないのでエラーが出てしまう。
# chmod 755 cas-offinder # ./cas-offinder ./cas-offinder: error while loading shared libraries: libOpenCL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
openclをインストール
wgetでダウンロードする。
unzipで解凍する10ファイルほどある。
rpm でインストール(下記の順番でインストールしないとエラーになる)
# wget http://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/11396/SRB4.1_linux64.zip # ll 合計 66852 -rw-r--r--. 1 root root 68454310 3月 15 2017 SRB4.1_linux64.zip - # unzip SRB4.1_linux64.zip Archive: SRB4.1_linux64.zip inflating: intel-opencl-cpu-r4.1-61547.x86_64.rpm inflating: intel-opencl-cpu-r4.1-61547.x86_64.tar.xz inflating: intel-opencl-cpu-r4.1-61547.x86_64.tar.xz.sig inflating: intel-opencl-devel-r4.1-61547.x86_64.rpm inflating: intel-opencl-devel-r4.1-61547.x86_64.tar.xz inflating: intel-opencl-devel-r4.1-61547.x86_64.tar.xz.sig inflating: intel-opencl-r4.1-61547.x86_64.rpm inflating: intel-opencl-r4.1-61547.x86_64.tar.xz inflating: intel-opencl-r4.1-61547.x86_64.tar.xz.sig inflating: vpg_ocl_linux_rpmdeb.public - # rpm -ivh intel-opencl-r4.1-61547.x86_64.rpm 準備しています... ################################# [100%] 更新中 / インストール中... 1:intel-opencl-r4.1-61547 ################################# [100%] - # rpm -ivh intel-opencl-devel-r4.1-61547.x86_64.rpm 準備しています... ################################# [100%] 更新中 / インストール中... 1:intel-opencl-devel-r4.1-61547 ################################# [100%] - # rpm -ivh intel-opencl-cpu-r4.1-61547.x86_64.rpm 準備しています... ################################# [100%] 更新中 / インストール中... 1:intel-opencl-cpu-r4.1-61547 ################################# [100%]
確認
input_fileとoutput_fileを指定しないとデモ画面が出る。
# ./cas-offinder
Cas-OFFinder v2.4 (Aug 17 2016)
Copyright (c) 2013 Jeongbin Park and Sangsu Bae
Website: http://github.com/snugel/cas-offinder
Usage: cas-offinder {input_file} {C|G|A}[device_id(s)] {output_file}
(C: using CPUs, G: using GPUs, A: using accelerators)
Example input file:
/var/chromosomes/human_hg19
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNRG
GGCCGACCTGTCGCTGACGCNNN 5
CGCCAGCGTCAGCGACAGGTNNN 5
ACGGCGCCAGCGTCAGCGACNNN 5
GTCGCTGACGCTGGCGCCGTNNN 5
Available device list:
Type: CPU, ID: 0, on <Intel(R) OpenCL>
SSE4.2 以上のCPUが必要条件になります。
cas-offinderはCPUの性能にも使えるか使えないかの影響を受けるようですね。
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